いわゆるショートカットのつくりかたです。
１～４の方法がありますが最初の方が簡単で下に進むほど面倒なぶん応用が利きます。
1.基本的なアプリケーションのショートカットは、メニューバーでアプリケーションを右クリックすれば「デスクトップに追加」することができます。
2. MainMenuEditorでメインメニューの項目に表示させる。
この設定で非表示になっている可能性があるので「設定」からMainMenuEditorを起動して表示したいアプリケーションにチェックを入れましょう。そうすれば1.の手順で追加できます
3./usr/share/applicationsのアイコンをコピーする。
基本的には2.の手順で表示できる項目と同じだと思います。ファイルマネージャーで上記のディレクトリを開きます。追加したいアプリケーションのアイコンを右クリックしてコピーしてショートカットを作りたい場所に貼り付けるだけです。
余談ですがこのアイコンの実態は設定ファイルなのでテキストエディターで編集することができます。
アイコンの画像が気に入らない場合はIconの部分を編集すればいいです。読み込み専用になっているので管理者権限をつけてvimなどで編集します。
4.自分でdesktopファイルを書く。
3.でもわかることなんですがアプリケーションのアイコンの実態は設定ファイルです。~/DesktopにAppName.desktopのようなファイルを作って必要な内容を書き込みます。これに関してはこちらの記事(Linuxでアイコンを作成する方法)を参考にしました。例はファイルマネージャーを登録する場合です。
FileManager.desktop
[code]
[Desktop Entry]
Type=Application
Encoding=UTF-8
Name=FileManager
Comment=FileManager
Exec=pcmanfm
Icon=/usr/share/icons/PiX/48×48/places/folder.png
Terminal=false
[/code]
アイコン用の画像はもちろん自分でpngファイルを作ってもいいのですが、/usr/share/icons/PiXのディレクトリ以下にいろいろあるので探してみてください。4．の方法は自分で書いたスクリプトの実行なども設定できて便利です。